تتولى دائرة الاعضاء والاوراق المالية النظر في طلبات الانضمام إلى عضوية المركز من قبل الشركات المساهمة العامة والوسطاء وأمناء الحفظ، والتأكد من اكتمال الوثائق والمستندات اللازمة من اجل انضمام الاعضاء، كما تقوم بتسجيل الأوراق المالية وفتح الحسابات اللازمة لذلك على أنظمة المركز الإلكترونية، وتنفيذ إجراءات إيداع الأوراق المالية لدى المركز، وتنفيذ إجراءات الشركات للأوراق المالية المودعة، وتقسم الدائرة الى قسمين: قسم الأعضاء، وقسم الأوراق المالية.

تتولى دائرة العمليات تنفيذ عملية التقاص والتسوية لعقود التداول المنفذة في البورصة والتي تتمثل في نقل ملكية الأوراق المالية وتسوية أثمانها، وتثبيت ورفع قيود الملكية (رهن، حجز وتجميد) على الاوراق المالية المودعة، اضافة الى اجراء العمليات المستثناة من التداول ونقل ملكية الأوراق المالية غير المتداولة في السوق، وتقسم دائرة العمليات الى ثلاثة اقسام: قسم التقاص والتسوية، وقسم قيود الملكية، وقسم التحويلات وخدمة الجمهور.

تتولى الدائرة الإدارية والمالية كافة الشؤون المتعلقة بالموارد البشرية والشؤون المالية للمركز، اضافة الى توفير الخدمات الإدارية المساندة اللازمة لعمل المركز وتنظيمه، وتقسم الدائرة الى ثلاثة اقسام هي: قسم الموارد البشرية، وقسم الشؤون المالية، وقسم الخدمات الإدارية المساندة والتي تتضمن شعبة المشتريات واللوازم، وشعبة الديوان، وشعبة الحركة.

تعنى الدائرة القانونية بتقديم الاستشارات والدراسات القانونية، واعداد مشاريع القوانين والانظمة والتعليمات وتقديم التوصيات بشأن التعديلات اللازمة لها ومتابعة اقرارها، كما تتولى اعداد الاتفاقيات والعقود ومذكرات التفاهم التي يعقدها المركز مع الغير، ومتابعة الشؤون القانونية بما في ذلك اعتماد الوثائق والمستندات وفقا لأحكام التشريعات النافذة، ومتابعة القضايا المتعلقة بالمركز.

تتولى دائرة الابحاث اجراء الدراسات والابحاث وتوفير المعلومات والبيانات والاحصاءات ذات العلاقة بأعمال المركز، كما تتولى متابعة علاقات المركز بالمؤسسات الخارجية ومراكز الايداع الاخرى وتنمية علاقات التعاون معهم، كما تعمل الدائرة على تطوير الهيكل التنظيمي والبنية التنظيمية وإعداد وتطوير الخطة الاستراتيجية للمركز وإعداد الخطة السنوية للتطوير المؤسسي وتوثيق العمليات والاجراءات والخدمات، كما تعمل على وضع منهجية خاصة بإدارة المعرفة وتطبيقها، وتقسم الدائرة إلى قسمين: قسم الدراسات والعلاقات الخارجية، وقسم التطوير المؤسسي.

تتولى دائرة تكنولوجيا المعلومات شؤون الأنظمة وقواعد البيانات والبرمجيات والجوانب الفنية المتعلقة بها، كما تتولى شؤون شبكات الاتصال الداخلية والخارجية، اضافة الى توفير خدمات الدعم الفني لدوائر المركز وكافة أعضاء المركز من شركات مساهمة عامة ووسطاء وأمناء حفظ، وتقسم الدائرة الى ثلاثة أقسام: قسم تطوير البرمجيات، وقسم الانظمة وقواعد البيانات، وقسم الاتصالات والدعم الفني.

تتولى دائرة التدقيق الداخلي مهمة التحقق من أن الاعمال والإجراءات التي تقوم بها دوائر المركز قد تمت وفق الضوابط والاطر القانونية الناظمة وفقاً للقوانين والانظمة والتعليمات النافذة، وتقسم الدائرة إلى قسمين: قسم التدقيق الإداري والمالي، وقسم التدقيق الفني.