يتولى إدارة المركز مجلس إدارة مؤلف من خمسة أشخاص ومدير تنفيذي متفرغ، يتم انتخاب أثنين من الأعضاء من قبل الهيئة العامة، ويتم تعيين ثلاثة أعضاء من قبل مجلس مفوضي هيئة الأوراق المالية.وتكون مدة مجلس الإدارة ثلاث سنوات.

مجلس إدارة مركز إيداع الأوراق المالية

• تم تعيين أعضاء مجلس ادارة المركز وفقاً لقرار مجلس مفوضي هيئة الاوراق المالية تاريخ 2020/12/10.  
• تم انتخاب السيدة منى فوزي المفتي رئيساً لمجلس إدارة المركز وانتخاب السيد خليل محمد ناصر نائباً لرئيس مجلس إدارة المركز وفقاً لقرار مجلس إدارة المركز بتاريخ 2020/12/16.  
• تم انتخاب أعضاء مجلس الإدارة من الشركات المساهمة العامة والوسطاء وأمناء الحفظ في اجتماع الهيئة العامة غير العادي للمركز المنعقد بتاريخ 2020/10/05. 
• قرر مجلس إدارة مركز إيداع الأوراق المالية في جلسته المنعقدة بتاريخ 2022/03/06 تعيين السيدة سارة الطراونة مديرا ً تنفيذياً متفرغاً لمركز ايداع الأوراق المالية اعتباراً من 2022/03/16.
• انتهت عضوية السيدة منى فوزي المفتي في مجلس إدارة مركز ايداع الأوراق المالية بالاستقالة اعتبارا من 2023/05/16